Где можно скачать последнюю версию CPA Tracker?

Последнюю версию трекера можно всегда скачать по этой ссылке:

https://www.cpatracker.ru/source/latest/cpatracker.zip

В архиве с CPA Tracker 3 папки. На хостинг необходимо скопировать папки или их содержимое?

Вам необходимо скопировать три папки из архива на хостинг. Так как в папках находятся скрытые файлы (.htaccess), лучше распаковать архив прямо на сервере, чтобы ничего не потерять.